Ο Δημόκριτος ιδρύθηκε το 1961 ως Κέντρο Πυρηνικών Ερευνών «ΔΗΜΟΚΡΙΤΟΣ». Σήμερα αποτελεί το μεγαλύτερο διεπιστημονικό Ερευνητικό Κέντρο της Ελλάδας με περίπου 180 Ερευνητές και Ειδικούς Λειτουργικούς Επιστήμονες και περισσότερα από 500 άτομα ερευνητικό προσωπικό που απασχολείται σε έργα χρηματοδοτούμενα από κρατικά κονδύλια, την Ευρωπαϊκή Ένωση, Διεθνείς Οργανισμούς και τη Βιομηχανία.
Στο Κέντρο λειτουργούν πέντε ανεξάρτητα Ινστιτούτα που επικεντρώνουν την έρευνά τους σε διαφορετικούς επιστημονικούς τομείς. Διοικείται από το Διοικητικό Συμβούλιο του Κέντρου και εποπτεύεται από τη Γενική Γραμματεία Έρευνας και Τεχνολογίας, η οποία ανήκει στο Υπουργείο Παιδείας Έρευνας και Θρησκευμάτων. Σύμφωνα με το νέο Οργανισμό του Δημοκρίτου, η ερευνητική του δραστηριότητα υποστηρίζεται κεντρικά από τη Διεύθυνση Διοικητικού, τη Διεύθυνση Τεχνολογικών Εφαρμογών και Υποστήριξης της Έρευνας και τα Αυτοτελή Τμήματα του Ειδικού Λογαριασμού Κονδυλίων Έρευνας και Ηλεκτρονικής Διακυβέρνησης.